Quelque part dans un petit village africain naît Kirikou. Bientôt, le minuscule et courageux enfant part affronter Karaba la Sorcière. La méchante femme a asséché la source, enlevé les hommes de la tribu partis la combattre et pillé le village. Kirikou s'acharne à déjouer ses maléfices et veut comprendre. Pourquoi est-elle si méchante ?