Amsterdam, 1640. Un homme est excommunié de la communauté juive portugaise pour avoir remis en question les Saintes Écritures. Le jeune Bento de Espinosa assiste à la scène et l'épisode fait germer en lui un doute. Et si tout ce qui est écrit dans la Bible était faux ? Ce soupçon va lancer Bento dans la plus grande quête intellectuelle qui soit. Qui a écrit les textes sacrés ? Qui est vraiment Dieu ? Qu'est-ce que la nature ? Parce que toutes ces questions sont révolutionnaires pour leur temps, le jeune Spinoza va bientôt en payer le prix. Les Juifs autant que les chrétiens l'accusent d'hérésie et commencent à le persécuter...