Un journaliste, qui enquête sur la rencontre entre un scientifique russe et un djihadiste sur les quais d'un port africain, est abattu. Tandis que le porte-avions Charles de Gaulle vogue en mer Rouge, une épidémie mortelle se déclenche dans un pays limitrophe. Le bâtiment se déroute et envoie une mission humanitaire en reconnaissance. Ainsi s'ouvre tambour battant un nouveau cycle d'aventures pour nos héros embarqués sur le Charles de Gaulle, et affectés à la mythique flottille 12F sur Rafale Marine.