Après avoir écouté le lieutenant Riza Hawkeye racontant la guerre civile d'Ishbal, Edward souhaite à tout prix percer les mystères de l'élixirologie. En effet, l'art alchimique venu de Xing semble être le seul moyen de lutter contre les homonculus et leur chef. Les recherches des deux frères Elric vont les mener vers le nord. Edward et Alphonse vont y faire la connaissance d'un nouveau membre de la famille Armstrong qui règne sans partage sur la forteresse protégeant la frontière septentrionale du pays. De nouveaux ennemis font leur apparition et Solf J. Kimblee, un alchimiste dément part sur les traces des frères Elric !