Edward et Alphonse Elric sont plus que jamais au coeur d'un complot aux implications dépassant l'imagination. Après s'être rendu dans le nord afin d'enquêter sur les mystères de l'élixirologie, ils doivent faire face aux luttes d'influence qui gangrènent les plus hautes instances de l'armée. Nos deux frères vont devoir affronter le machiavélique Kimblee, alchimiste fanatique qui est prêt à tout pour arriver à ses fins. La jeune May accompagnée du docteur Marcoh, se rendent eux aussi dans les montagnes de Briggs afin de récupérer les recherches du frère de Scar. Ces notes pourraient bien constituer la seule solution permettant de lutter efficacement contre les homonculus.