Sur les plages préservées au sud de Sydney, Silver Bay est un véritable havre de paix. C'est ici que s'est réfugiée Liza McCullen avec sa fille Hannah pour échapper à sa vie passée. Mais l'arrivée de Mike Dormer va bouleverser la tranquillité de la petite communauté. Cet Anglais trop curieux, qui prétend être venu à Silver Bay pour se reposer, risque en réalité d’anéantir tous les efforts de Liza pour sauver le petit hôtel familial et protéger les baleines. La Baie des baleines nous plonge dans la nature sauvage australienne, autour de personnages en quête de nouveau départ.