Kabané et ses amis prennent la direction de Kyoto afin de percer le mystère qui entoure Inari et de récupérer les Gemmes Kemono qui s'y trouvent. Ils vont trouver sur leur route le Genji, une organisation gouvernementale qui lutte contre les Kemono. Ces derniers, menés par le redoutable Raiden, sont prêts à coopérer pour faire tomber leur ennemi commun : la maléfique Inari.