Alors qu'une violente tempête se prépare près de Nantes, les météorologues redoutent qu'une crue exceptionnelle touche la métropole. Rapidement, leurs prédictions se révèlent justes et la montée des eaux de la Loire devient totalement incontrôlable. Au même moment, les hôpitaux de la région se retrouvent subitement saturés par des cas d'encéphalite fulgurante qui poussent les malades au suicide. Une situation aussi dramatique qu'inexplicable...
Hugo Kezer et Anne Gilardini, capitaines en charge de la cellule Nouvelles Menaces, sont embarqués dans l'enquête par leur collègue nantais, le lieutenant Fabrice Le Troadec. En dépit des inondations et de l'évacuation de la ville, ils vont tenter, ensemble, d'endiguer cette pandémie suicidaire sans précédent.