Drames personnels, uniformes impeccables et tueur en série à Las Encinas.
Un inconnu, le visage caché sous un passe-montagne et vêtu de l’uniforme du lycée, sème la panique parmi les élèves de Las Encinas. Mais la vie continue malgré tout. Gorka a entamé une relation compliquée avec Andrea, une nouvelle venue qui semble être la fille parfaite d'un politicien de gauche ; Melena a abandonné le lycée pour aider sa mère au salon de thé et cherche à renforcer les nouveaux liens affectifs qui les unissent, quel qu’en soit le prix ; Janine voudrait résoudre le mystère qui entoure les morts à Las Encinas et la menace qui pèse sur ses amis, tandis que Paula doit affronter le monde des adultes, après avoir arrêté ses études et commencé à travailler. Non contents de devoir échapper au tueur en série, nos cinq lycéens devront surmonter leurs doutes et leurs craintes, dénouer leurs problèmes de cœur et leurs soucis quotidiens.
Dans Elite : au fond de la classe, Abril Zamora prenait pour cadre l’intrigue de la première saison de Elite et se penchait sur les histoires d’amour et les mésaventures d'un groupe d'adolescents qui tentaient de se faire une place et de gérer ses conflits sentimentaux, sexuels et amicaux. On retrouve ici Paula, Janine, Gorka et Melena un an plus tard  : ils ont mûri et tentent de relever la tête comme l'axolotl, cet amphibien capable de se régénérer et de soigner ses blessures sans laisser de cicatrices.
Avec pour toile de fond l'intrigue de la deuxième saison de la série, cette nouvelle année scolaire dans la vie des cinq adolescents s’annonce mortelle.