Tandis que les murs de l'institut scolaire Takahara s'effondrent sous l'attaque soudaine d'un assaillant inconnu, la responsable du jardin s'en prend à Tokio et son enfant pour accomplir son plan de transfert cérébral ! Maru et Kiruko, quant à eux, ont quitté le centre d'Ibaraki mais le ministère de la reconstruction est maintenant à leurs trousses. Sans compter que de nouveaux dangers les attendent dans les terres inconnues qu'ils partent explorer au volant de leur fidèle Kiruko-Maru II...